Borgerkrigen startet ganske dårlig for nordstatene og i 1862 rullet sørstatene ut et nytt og dødelig våpen. De har bygd om fregatten Merrimack og kledd den med jernplater. Skipet syntes usårbart og terroriserer nordstatenes marinestyrker. Nordstatenes krigsminister, som var livredd Merrimack og dens ødeleggelser, sender et telegram til Vanderbilt og spør hva han skal ha for å ødelegge og stoppe Merrimack. 

Merrimack, også kjent som CSS Virginia.

Tre dager senere er Vanderbilt i Washington, D.C, for å møte krigsministeren. Vanderbilt er nå nesten 68 år gammel. Slik forteller Vanderbilt selv historien: 

I called at the War Department, where I saw for the first time Mr. Stanton, the Secretary of War. He requested me to accompany him to the Executive Mansion, where I was introduced to Mr. Lincoln, to whom I was then personally a stranger. 

President Lincoln spør om Vanderbilt kan gjøre noe for å stoppe Merrimack. Vanderbilt svarer at hvis skipet hans, Vanderbilt, utstyres og bemannes skikkelig, så vil Merrimack stoppes. Så spør Lincoln om prisen. Slik svarer Vanderbilt:

I at once informed Mr. Lincoln that I was determined that I would not allow myself to do anything by which I could be ranked with the herd of thieves and vampires who were fattening off the Government by means of army contracts. 

President Abraham Lincoln i 1863, foto: Alexander Gardner.

Vanderbilt sier han vil gi bort skipet til nordstatenes marine, men på en betingelse. Han skal selv ha full kontroll på arbeidet med å klargjøre skipet for kamp. President Lincoln godtar umiddelbart. Bare noen dager senere er skipet kampklart og Vanderbilt kan begynne jakten på Merrimack. Dette var ingen hemmelig operasjon på noen som helst måte. Det er vanskelig å hemmeligholde et så svært skip og avisene skriver om skipet som nå skulle ta rotta på Merrimack. Vanderbilt skremmer vannet av sørstatsgeneralene, som var livredde for å miste Merrimack. Vanderbilt senker aldri Merrimack, men Merrimack mister bevegelsesfriheten og snart kom skipet i en så vanskelig posisjon at sørstatene rett og slett senker skipet i frykt for at nordstatene skulle ta det. 

Det er stadig prat i avisene om at Vanderbilt bør bli marineminister eller finansminister, men Vanderbilt selv er avvisende. Han arbeider likevel mye for nordstatene og stiller mange skip til disposisjon gjennom hele krigen. Det var heller ingen som kjøpte flere statsobligasjoner av nordstatene under Borgerkrigen enn Vanderbilt. Og slik var han en viktig bidragsyter til at nordstatene til slutt vinner krigen, på mange måter slik Nathan Rothschild var det femti år tidligere under Napoleonskrigen i Europa.   

Borgerkrigen slutter i begynnelsen av april 1865 og bare noen dager etter blir president Lincoln skutt og drept i Ford´s Theater i Washington, DC.