Gullrushet i California fører raskt til at amerikanske myndigheter ser behovet for en raskere måte å komme seg fra østkysten til California enn å seile hele veien rundt Kapp Horn. USA blir enige med Colombia om at amerikanske borgere skal få reise over land gjennom Panama, som den gang var en provins i Colombia.

På denne måten kunne man reise med skip fra New York ned gjennom Mexicogulfen til Panama, deretter delvis over land på esler, og delvis på vann i kanoer. Slik krysset man til Stillehavskysten, hvor nye skip tok over trafikken nordover til San Fransisco. På denne måten unngikk man å seile rundt hele Sør-Amerika. Den amerikanske regjeringen var involvert i dette først og fremst fordi de ville få på plass et postvesen som kunne frakte post mellom California og østkysten. Denne postruten ble dermed i praksis en subsidie til skipsrederen som fikk kontrakten. Det eneste problemet, slik Vanderbilt så det, var at denne postruten blir gitt til en konkurrent. 

Vanderbilt planlegger derfor en rute over Nicaragua istedenfor Panama. Nicaragua ligger lenger nord enn Panama, og også her var det gode muligheter for å krysse over land til Stillehavet. Vanderbilt reiser til Nicaragua for å ta styringen på prosjektet med å bygge en kanal gjennom Nicaragua. Han reiser opp elven på en mindre dampbåt og da kapteinen ikke klarer å forsere strykene, tar Vanderbilt selv roret. Han gir full gass og klarer å få skipet videre.

Karikatur som illustrerer hvordan USA ønsket å bygge en kanal gjennom Nicaragua.

Men Nicaragua var et urolig og komplisert land og det bryter nok en gang ut en borgerkrig i landet. Vanderbilt sender i all hemmelighet 2000 muskedundere for å bidra til ro og orden slik at arbeidet med kanalen kan fortsette. Og mens arbeidet med kanalen i Nicaragua pågår frakter han stadig kunder fra New York til San Francisco via Nicaragua, med en kombinasjon av store havgående dampskip, mindre dampskip på elver og innsjøer, og enda mindre kanoer i de vanskeligste strykene. Vanderbilt tjener enormt med penger og bidrar i betydelig grad til at den amerikanske vestkysten blir befolket av migranter fra østkysten. 

Men utfordringene med ruten over Nicaragua fortsetter. Det neste er en privat militær invasjon og maktovertakelse i Nicaragua. En amerikansk offiser ved navn William Walker og en tropp på snaut seksti soldater tar makten i landet. Dette blir starten på en ny runde med rot og vanskeligheter i Nicaragua. En av Vanderbilts konkurrenter blir enige med Walker om å frata Vanderbilts selskap rettigheter til trafikken over Nicaragua. 

Når dette blir kjent går aksjekursen til Vanderbilts selskap i bakken med et brak. Vanderbilt forsøker å få amerikanske myndigheter til å ta til mottiltak. Det burde være grunn til det. En amerikansk privat borger har nettopp tatt kontrollen over et annet land, et land som er viktig for trafikken mellom øst- og vestkyst i USA, og har også gått til angrep mot et betydelig amerikansk selskap, altså mot Vanderbilt. Likevel gjør ikke myndighetene noe. 

William Walker

Vanderbilt stopper trafikken midlertidig av sikkerhetshensyn og planlegger så sine mottiltak. Han begynner forhandlinger med nabolandet Costa Rica, som var svært interessert i å bli kvitt Walker og hans regime. Dette blir en salig suppe. Britiske styrker blir innblandet etter henvendelse fra Vanderbilts folk og det blir stor oppstandelse, særlig fordi i mellomtiden har den amerikanske presidenten Franklin Pierce anerkjent Walkers regime i Nicaragua. Vanderbilt gir seg selvsagt ikke. Han hyrer inn en leiesoldat til å ta ansvar for å rydde opp. Vanderbilt er ikke interessert i en invasjon eller en krig, men han sikrer sine egne verdier, inkludert dampskipene som trafikkerer innlandet i Nicaragua. Når Vanderbilt får kontroll på disse, struper han transportruten gjennom Nicaragua. Walkers regime er allerede nesten raka fant og dette blakker dem fullstendig. Våren 1857 gir Walker opp og New York Herald beskriver situasjonen slik: 

the most disastrous blunder of Walker was his coup d`etat against “the house of Vanderbilt”. 

En av Walkers menn skrev dette et par år senere: 

Walker owes his defeat not to the natives of Central America, but to his own countrymen, and had it not been for the malice or revenge of Vanderbilt, he might have reigned in Nicaragua at this day. 

Så mange som 40 000 mennesker mistet livet under denne korte krigen. Walker endte sine dager i 1860 da hans siste forsøk på å ta kontroll over Nicaragua endte med at han ble fanget av britene. De overgav ham til nabolandet Honduras, som ganske enkelt henretter ham. Kanalen i Nicaragua ble aldri fullført.